Fue hijo único de un hidalgo extremeño, llamado Martín Cortés y de Catalina Pizarro Altamirano. Por vía materna era primo segundo de Francisco Pizarro, quien posteriormente conquistó el imperio inca (no confundir con otro Francisco Pizarro, quien se unió a Cortés en la conquista de los aztecas). Como otros hidalgos, su padre lo envió a los catorce años a estudiar leyes a Salamanca, ciudad que abandonó dos años más tarde, movido por su afán de aventuras. Tras varios intentos fallidos, por una parte, de embarcar para las Indias, y, por otra, de participar en las campañas de Gonzalo Fernández de Córdoba en Italia, finalmente, en la primavera de 1504, zarpó hacia la isla de La Española, donde se instaló como plantador y funcionario colonial.
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